1969 yılında Amasya’da doğdu. İlk, orta ve lise öğrenimini Amasya’da yaptı. 1992’de Ankara Üniversitesi İlâhiyat Fakültesi’ni bitirdi. 1996 yılında Ankara Üniversitesi Sosyal Bilimler Enstitüsü İslam Tarihi Anabilim Dalı’nda “Râşid Halifeler Döneminde Müslüman-Yahudi İlişkileri” başlıklı teziyle yüksek lisansını; 2002’de “Dil-Tarih İlişkisi Bağlamında Osmanlı Türklerinde Arapça Tarih Yazıcılığı” adlı teziyle de doktorasını tamamladı.

1997 yılında Ankara Üniversitesi İlâhiyat Fakültesi İslâm Tarihi Anabilim Dalı’na Araştırma Görevlisi olarak atandı. Sahasıyla ilgili araştırmalarda bulunmak üzere 1999-2000’de Ürdün Üniversitesi’nde; 2003-2004 öğretim yılında Kırgızistan Oş Devlet Üniversitesi’nde bulundu ve aynı üniversitenin İlahiyat Fakültesi’nde dersler verdi. 2005-2006 öğretim yılında ise Oş Devlet Üniversitesi İlahiyat Fakültesi’nde Dekan Yardımcısı olarak hizmet verdi. 18 Aralık 2006’da doçent, 28 Şubat 2012 tarihinde profesör oldu. YÖK’ün 20 Şubat 2014 tarihli kararı ile Kırıkkale Üniversitesi İslami İlimler Fakültesi’ne kurucu Dekan olarak atandı. Bu görevini 12 Mart 2019’da tamamladı.

İngilizce, Arapça ve Kırgızca bilmekte olan Baş’ın,

• Son Peygamber Hz.Muhammed (Türkçe, TürkçeArapça ve Osmanlıca Siyer-i Nebî),
• İslâm’ın İlk Döneminde Müslüman Yahudi İlişkileri,
• Osmanlı Tarih Yazarlarında Toplumsal Sorumluluk Bilinci,
• DilTarih İlişkisi Bağlamında Osmanlı Türklerinde Arapça Tarih Yazıcılığı
• Hz.Osman

adlı yayınlanmış telif kitapları;

• İslâm Tarihi El Kitabı,
• İslâm Kurumları Tarihi El Kitabı,
• İslam Medeniyeti Tarihi El Kitabı,
• Disiplinlerarası ve Tematik İslam Tarihi Yazıları III,
• İslâm Tarihi Öğretiminin Problemleri,
• Türkiye’nin İlahiyat Birikimi Ankara İlahiyatın 70 Yılı (1949-2019),
• Prof. Dr. Nesimi Yazıcı’ya Armağan
• İslam Tarihçiliğine Adanan Altın Bir Ömür Prof. Dr. Mustafa Fayda

adlı edite kitapları; bunlara ek olarak makaleleri, kitap bölümleri ile ulusal ve uluslararası düzeyde tertiplenen sempozyumlarda sunulmuş çok sayıda tebliği bulunmaktadır.

Bütün bunlara ek olarak, Türkiye çapında İlahiyat ve İslami İlimler fakültelerinde ders kitapları olarak tercih edilen, kitap sayısı 36’ya ulaşmış olan Grafiker Yayınları İlahiyat El Kitapları Serisi’nin genel editörlüğünü yürüten BAŞ, 2008-20018 yılları arasında da İlahiyat alanında yüzlerce akademisyen yetiştiren İlahiyat Araştırmaları Merkezi (İLAMER)’nin yöneticiliğini yapmıştır.

Prof. Dr. Eyüp BAŞ, Ankara Üniversitesi İlâhiyat Fakültesi’nde İslâm Tarihi Anabilim Dalı Başkanı olarak görev yapmaktayken Danimarka Din Hizmetleri Müşavirliği görevine atandı ve 21 Mart 2023 tarihinde bu görevine başladı.